D: Ripropongo, in via principale, il tema già proposto come commento perchè ho letto che, oltre un certo limite, occorre fare così per ottenere risposta.
Dunque: il problema è la prova telematica dell’avvenuta notifica. Io farei così.
Creo la directory “Notifica 12.12.2014”. Creo tre sub directory: 1. PEC principale; 2. Accettazione; 3. Consegna. Nella Dir 1. creo la sub directory “allegati”, e così faccio per la Dir. 2 e la Dir. 3. Salvo poi la PEC principale nella Dir. 1 (e metto il file allegato nella dir “allegati”). Analogamente faccio con il file Accettazione e Consegna. Zippo il tutto e deposito (firmando il file *zip). Dove sbaglio?

R: Quello da Te indicato è un sistema quantomeno ordinato di conservazione dei messaggi PEC: non sbagli nulla quindi, se non nella sovrabbondanza di documenti informatici conservati. Devi infatti considerare che la ricevuta di consegna (RAC o RdAC) – che va sempre richiesta in forma “completa” – in quanto tale (completa) contiene in sé come allegato un file (postacert.eml) che è il duplicato informatico del messaggio di posta inviato e che, come tale, contiene a sua volta (come una “scatola cinese”) anche i documenti informatici oggetto di notifica e la relata.

Ne deriva che puoi limitarTi a conservare la sola ricevuta di accettazione e quella di avvenuta consegna, le quali devono essere l’oggetto del deposito ai fini della prova dell’avvenuta notifica.

Ai fini di una più agevole archiviazione dei messaggi (e del relativo raggruppamento automatico), consigliamo l’estensione ThunderPEC (ver. 1.6.3 e successive) per Thunderbird (software entrambi open source).